关税与贸易总协定秘书处由大约400人组成，它设在日内瓦，由瑞士籍的阿瑟。邓克尔任总干事。关贸总协定秘书处是关贸总协定的常设机构，并为乌拉圭回合谈判服务，同时为发展中国家提供技术援助。秘书处的经济学家和统计学家对贸易实绩和贸易政策进行分析；其法律工作人员帮助解决贸易争端，其中涉及关贸总协定规则和先例的解释。关贸总协定预算大约为7500万瑞士法郎，由缔约国按其占世界商品贸易中的份额比例交纳。